[Сергей Смагин]

Читая религиозные тексты всегда надо иметь ввиду то время, когда они писались. А это было время господства рабовладельческого строя. И во всех текстах, когда речь шла о людях специально указывалось, кем является этот человек - рабом иди господином. Во многих языках с тех пор сохранились приставки перед фамилиями, переводимые как "господин": например, в немецком "Herr", в английском - "mister", в дореволюционной России так и прямо - "господин". Соответственно, и при упоминании Бога правила языка того времени требовали указать его "социальную принадлежность". Так как он очевидно не раб, то он - господин или в церковнославянском - Господь. Отсюда и пошло - Господь Бог.
Слово "начальник" очевидно другого происхождения - от слова "начало, начинать". Тут больше уклон в творческую, инициативную составляющую власти - кто-то что-то начал, а остальные его поддержали.
Поэтому, на мой взгляд, фраза "Бог-Начальник" гораздо более правильная, чем - "Господь Бог".