любое конвертирование всегда с косяками и никак не сделает нормальной книги. Это моё мнение и я не знаю кто конвертером делает нормальные книжки. Любая конвертация все равно потом заставляет в редакторе fb2 дорабатывать. Поэтому качай Fiction Book Editor и учись делать им книги fb2. Там ничего сложного нет, разве что немного муторно со сносками работать, их много в трудах ВП СССР.
Я пробовал
ЭТО, но мне надоели ошибки при создании fb2 и времени много забирало. Хотя знаю людей, которых этот способ устраивает.
Почитай
ЭТО и начни работать в FBE. Там многое интуитивно понятно. Что не ясно - спрашивай в асе