Я не спец по базам данных но мысль такая.
В базе содержаться текстовые блоки (главы или абзацы?), + соответствующие им картинки, + ссылки на примечания (которые тоже - индексированные текстовые блоки).
Если проиндексировать абзацы, можно будет делать ссылки типа:
.../базакоб/книги/Вопросы_митрополиту/глава3/24
И там будет конкретный абзац с нужной цитатой.
Очень удобно для цитирования на ресурсах.
Почему не страницы? Потому, что, если мы делаем универсальную базу, то не знаем, на каком экране её будут смотреть - 120х120 или 1920х1680, соответственно, должна быть возможность формировать страницы динамически.
Грубо говоря 
- как библию разбили в своё время на нумерованные главы и стихи и сейчас ссылаются типа 2:18
Из этой же базы, насколько я понимаю, будет элементарно сделать сайт с представлением всех работ ВП в виде простого HTML - то, чего сейчас Миха руками делает.
Оттуда же и fb2 будет сделать нетрудно.
И всё это дело портировать, скажем, на PocketPC, Android, и пр. - база + микросервер + читалка в виде программы.
Причём, как я сильно подозреваю, всё это уже изобретено и существует - нужно подобрать подходящий вариант и создать базу.
Из плюшек - нормальный поиск СРАЗУ ПО ВСЕМ или выборочно по отдельным работам ВП.
На сегодня это не реализовано нигде.