Во всех книгах имеется оглавление. Проверено мною. В конце книги примечания имеются всегда - это раздел для примечаний. Структура документа fb2 такая, что по тексту идут ссылки на текст, а сам текст сносок в конце книги. Т.е. вы кликаете на сноску и Вам показывается текст из конца книги соответствующей сноски - так устроены концевые сноски. А вообще все книги сделаны в соответствии со стандартом fb2 и очень странно, что у Вас что-то не так.
Вы какой читалкой пользуетесь? Какую книгу читаете?

Спасибо за пояснение, всё из-за недавнего знакомства с fb2, оглавление нашёл. Читалки скачал две: Coolreader и FBReader. Спасибо за работу.

ред. Ещё потестил. В Кулридере текст идёт сплошняком, но в FBReader всё отлично (в общем больше вопросов не имею).
---------------
Это и моё предыдущее сообщение можно удалить, что бы не загрязнять тему.

ТАЙНЫ УПРАВЛЕНИЯ ЧЕЛОВЕЧЕСТВОМ или ТАЙНЫ ГЛОБАЛИЗАЦИИ
Формат: fb2
Теперь Главы 1-4 (обновил ссылку, см. в шапке)

ТАЙНЫ УПРАВЛЕНИЯ ЧЕЛОВЕЧЕСТВОМ или ТАЙНЫ ГЛОБАЛИЗАЦИИ
Формат: fb2
Теперь Главы 1-6 (обновил ссылку, см. в шапке)

Добавил От человекообразия к человечности

Добавил Краткий курс...

Добавил работу Прогнозно-аналитического центра «Академии Управления» Печальный итог Года молодёжи…

ТАЙНЫ УПРАВЛЕНИЯ ЧЕЛОВЕЧЕСТВОМ или ТАЙНЫ ГЛОБАЛИЗАЦИИ
Формат: fb2
Теперь Главы 1-8 (обновил ссылку, см. в шапке)

«О текущем моменте», № 9(93), декабрь 2009 г. Модернизация от Медведева??? — мДА…
Добавил в шапке.

Добавил Последний Гамбит